Ông được bầu làm Giáo hoàng ngày 11 tháng 2 năm 1691.

Cai quản giáo hội

Ông quy định các linh mục phải mặc áo chùng hằng ngày và tĩnh tâm theo định kỳ. Ông cực lực đấu tranh chống lại tai hoạ gia đình trị không đáng có và lâu đời bằng những đạo luật chính thức. Điều này đã mang lại cho ông nhiều sự không ưa thích. Ông dành một số tiền rất lớn cho cuộc chiến chống lại Hồi giáo.

Năm 1697, Fénelon tự biện minh trong cuốn "Giải thích ngững châm ngôn của các thánh về đời nội tâm", ông nhấn mạnh tình yêu đơn thuần đưa đến những hành động vô vị lợi. Cuộc tranh luận giữa hai Giám mục Bossuet và Fénelon rất sôi nổi, kết thúc bằng việc Innocentê XII kết án Fénelon năm 1699.

Năm 1693, nhân dịp Innocentê XII lên ngôi và vì phải đối đầu với liên quân các nước, vua Louis XIV nhượng bộ và các Giám mục Pháp rút lại bản tuyên ngôn.

Năm thánh 1700

Năm thánh 1700, được khai mạc dưới triều Innôcentê XII (1691-1700) nhưng vì qua đời nên được Clêmentê XI (1700-1721) kế vị bế mạc. Lần đầu tiên trong lịch sử Năm Thánh có vị Giáo hoàng qua đời.

Nhiều người tiếng tăm đến hành hương Rôma, như Hoàng hậu Maria Cristina của Balan, đi chân không vào Ðền thờ Thánh Phêrô và mặc áo nhặm viếng tất cả các Nhà thờ Công giáo ở Rôma.

Theo lời mô tả của một khách du lịch người Anh lúc bấy giờ về lòng đạo đức của người hành hương thì "Người ta tiếp tục qua Cửa Thánh Ðền thờ Thánh Phêrô bằng cách quỳ gối lết và họ đông đến nỗi tôi không thể nào đi vào trong được".

Vấn đề nghi lễ Trung Hoa

Vấn đề lễ nghi Trung Hoa lại bùng nổ năm 1693, khi Giám mục Maigrot (MEP) cấm địa phận Phúc Kiến thờ kính Tổ tiên. Đáp lại, vua Khang Hy trục xuất những thừa sai nào vâng lời vị Giám mục.

Trong khi đó ở Roma, hai phe đối lập đang hoạt động ráo riết; cả Tòa thánh cũng tận lực để đi tới một quyết định xác đáng, nhằm bảo vệ đức tin mà không phương hại đến công cuộc truyền giáo. Các nhà thần học nổi tiếng đều được mời tham dự những phiên họp đặc biệt do Giáo hoàng Innocent XII triệu tập.